Werner Halpern wurde am 4. April 1924 als Sohn von Sally und Elise Halpern in Nördlingen geboren.
Noch im selben Jahr zogen seine Eltern mit ihm nach Konstanz. Seine Schwester Melanie wurde am 11. April 1929 in der damaligen Wohnung auf der Marktstätte 12 geboren. Die größer gewordene Familie zog zunächst in die Brauneggerstraße 39 und im Frühjahr 1933 in das Hinterhaus der Rosgartenstraße 12.
Bereits kurz nach der Machtergreifung nahm Werner als Schuljunge die Nazis als sehr bedrohlich wahr, er berichtete später von zahlreichen Angriffen durch Hitlerjungen. Im April 1937 erlebt er seine Bar Mitzwa nicht wie üblich in der Synagoge, sondern im jüdischen Gemeindehaus in der Sigismundstraße. Die Konstanzer Synagoge war nach einem ersten Brandanschlag am 1. November 1936 im Innenraum schwer beschädigt worden und konnte für einige Zeit nicht genutzt werden.
Aufgrund der immer schärfer werdenden Ausgrenzung von Juden bemühten die Eltern sich um eine Auswanderung. Aber ohne Verwandte im Ausland und die notwendigen finanziellen Mittel war eine Auswanderung nicht zu realisieren.
Im Sommer 1937 konnte der 13jährige Werner einige Wochen auf einem Hof, auf dem jüdische Kinder für die Einwanderung in Palästina und das Leben in einem Kibbuz vorbereitet werden sollten, verbringen. Im Frühjahr 1938 gelang es der Familie schließlich, Werner mit einem Kindertransport in die USA zu schicken. Sein Vater konnte Werner im April 1938 noch bis Hamburg begleiten. Nach mehrwöchiger Überfahrt kam Werner am 5. Mai 1938 in New York an, wo ihn eine jüdische Pflegefamilie aufnahm.
Seine Eltern wurden mit dem Transport XXIIA vom 20. September 1943 nach Auschwitz deportiert. Es ist davon auszugehen, dass das Ehepaar Sally und Elise Halpern, wie auch Sallys Bruder Leo noch am Ankunftstag, dem 22. September 1943 in Auschwitz ermordet wurden.
Werner Halpern trat nach Abschluss seiner Schulausbildung in den Vereinigten Staaten 1943 in den Militärdienst ein und kam so als Soldat 1944 auch nach Frankreich und Deutschland. Nach Kriegsende gelang es ihm, seine Schwester in einem Kinderheim in Heiden (Appenzell/Schweiz) ausfindig zu machen, wo sie inzwischen arbeitete. Er konnte ein Visum für sie organisieren, aber es dauerte noch bis November 1946, ehe Melanie, inzwischen 17jährig, in New York eintraf.
Werner Halpern wurde Arzt und spezialisierte sich auf dem Gebiet der Kinderpsychologie. 1963 – 1966 war er Direktor der „Rochester Child Guidance Clinic“, 1967 – 1989 Direktor der Kinder- und Jugendlichen-Abteilung der „Rochester Mental Health Clinic“ in Rochester, N.Y. Ausserdem war er von 1983 – 1996 Direktor des „Hillside Children’s Center“.
Ein Schwerpunkt war die Beschäftigung mit traumatisierten Kindern, die die Shoah durch Flucht überlebt hatten. Neben hunderten von wissenschaftlichen Publikationen veröffentlichte er auch einen Gedichtband „A Brand Plucked from the Fire“ („Ein Brandscheit, aus dem Feuer gerettet“), nach Sacharja 4.2). Diese sehr autobiographischen Gedichte haben die jüdische Religion und seine eigenen Kindheitserlebnisse, aber auch den Holocaust zum Inhalt. Für seine Kinder und Enkel schrieb er seine Erinnerungen auf.
Werner Halpern starb am 22. März 1997 in Rochester, N.Y.