Bereits bei ihrer Arbeit in Bad Krozingen hatte sich die karitative Arbeit der Ordensschwestern nach der Machtübergabe an die Nationalsozialisten 1933 extrem verschärft: Wo irgend möglich versuchten die Mitglieder von NSDAP-Organisationen den Einfluss der Kirchen in der lokalen Gesellschaft und ihre äußerst wichtige Bedeutung in der gemeindlichen Sozialpolitik auszuschalten.
In Konstanz, wo Schwester Otmunda ab 1937 wirkte, war diese Entwicklung bereits weit fortgeschritten. So hatte beispielsweise bereits ein Antrag der NS-Frauenschaftsleiterin Hanna Bunten im Sommer 1933 dazu geführt, die Führung der Walderholungsstätte des Katholischen Fürsorgevereins, der eng mit der Caritas zusammenarbeitete, per Stadtratsbeschluß auf die NS-Frauenschaft zu übertragen und damit der Partei maßgeblichen Einfluß auf die Erziehung der Kinder zu sichern (vgl. Trapp, S. 245).
Von der NS-Volkswohlfahrt 1935 ausgehende Beschwerden – etwa daß die Kindergärten nicht im nationalsozialistischen Geiste geleitet werden, die Kinder nicht den Hitlergruß zeigten und auch keine nationalsozialistischen, sondern nur „fromme“ Lieder gesungen würden – führten dazu, dass die Leitung der Häuser sukzessive an NS-Organisationen übertragen werden mussten. Dass Ordenschwestern nach dieser „Gleichschaltung“ dennoch in den jeweiligen Häusern weiterarbeiten konnten, lag ausschließlich am fehlendem entsprechend geschulten NSDAP-Personal.
Schwester Otmunda wurde im Sommer 1942 denunziert: Nach ihrer eigenen, Jahrzehnte später verfassten Aussage hatte sie eine Gruppe Mädchen aus dem „Haus Nazareth“ statt zum BDM-Unterricht mit zum Obstsammeln auf die Insel Reichenau genommen. Kurz darauf erschienen Männer der Gestapo und verhafteten sie. „Misshandlung“ der ihr anvertrauten Kinder wurde ihr zur Last gelegt. „An den Haaren herbei gezogen“ nannte sie viele Jahre später diese Vorwürfe. Und dass sie vor die Wahl gestellt worden sei, entweder den Orden zu verlassen und zukünftig als Spitzel zu arbeiten oder in ein Konzentrationslager eingeliefert zu werden.
Am 11. September 1942 wurde Schwester Otmunda inhaftiert (*). Nach Monaten der Haft im Konstanzer Gefängnis verurteilte das Landgericht Konstanz sie am 12. Februar 1943 wegen „Kindesmisshandlung“ zu einer Gefängnisstrafe von zehn Monaten, auf die die bis dahin abgeleistete Untersuchungshaft angerechnet wurde. Am 16. März 1943 erfolgte ihre Verlegung in die Frauenstrafanstalt Gotteszell in Schwäbisch Gmünd.
Mit Schreiben vom 6. Mai 1943 verständigte die Staatspolizeileitstelle Karlsruhe den Vorstand der Strafanstalt darüber, dass das Reichssicherheitshauptamt Berlin am Vortag über Anna Madlinger (Schwester Otmunda) „Schutzhaft“ verhängt und ihre Überführung in das Konzentrationslager Ravensbrück verfügt hatte.
Am 30. Juli 1943 wurde Schwester Otmunda in das KZ Ravensbrück verschleppt. Sie erhielt die Haftnummer 21629. Mitte November wurde sie in das Aussenlager Neubrandenburg verlegt.
Rund 2.000 weibliche KZ-Häftlinge aus dem Konzentrationslager Ravensbrück mussten dort unter Anleitung deutscher Zivilarbeiter und unter Aufsicht von SS-Personal im Winter 1943/44 die zum großen Teil unterirdisch gelegenen Baracken und Produktionsstätten für die Herstellung von Teilen der sogenannten Vergeltungswaffen V1 und V2 errichten. Anschließend mussten sie Zwangsarbeit für die Rüstungsindustrie leisten.Das Konzentrationslager war von einem Starkstromzaun umgeben und mit Wachtürmen gesichert. Gearbeitet wurde montags bis samstags in zwei Schichten zu je 12 Stunden. Unterirdisches Arbeiten, katastrophale Mangelernährung und die brutale Behandlung durch die Wachmannschaft führten zu einer hohen Sterblichkeitsrate.
In der Nachkriegszeit machte Schwester Otmunda keine Aussagen über das im KZ selbst erlittene und miterlebte Leid. Überliefert ist lediglich, dass sie im Krankenrevier arbeitete und sich dort der Pflege der Infektionskranken widmete, auch selbst an Paratyphus erkrankte und einen Herzinfarkt erlitt.
